達(dá)延汗以后，五傳至林丹。林丹汗力圖繼承達(dá)延汗的事業(yè)，統(tǒng)一蒙古各部。1631年冬，率軍進(jìn)攻阿魯科爾沁部抵興安嶺東南的西拉木倫河北岸。1632年，后金汗皇太極援助阿魯科爾沁部，林丹汗戰(zhàn)敗，退至歸化城（今呼和浩特）。隨后，皇太極深入蒙古腹地，對(duì)林丹汗發(fā)動(dòng)大規(guī)模攻擊。1634年，林丹汗西渡黃河，退往青海，同年，病死于途中。
1635年，林丹汗的皇后攜子孔果爾?額哲和阿布奈歸降后金。因察哈爾汗是蒙古正統(tǒng)汗，為籠絡(luò)察哈爾蒙古并以此來(lái)控制其他蒙古各部，后金汗皇太極封孔果爾?額哲為親王，將次女固倫公主下嫁給他。1653年，清朝政府仿照滿(mǎn)洲八旗制度，把原蒙古察哈爾部改編為正黃、鑲黃、正白、鑲白、正紅、鑲紅、正藍(lán)、鑲藍(lán)八個(gè)札薩克（王公）旗，安置于義州邊外（今遼東地區(qū)）。
孔果爾?額哲死后，無(wú)嗣，其弟阿布奈襲親王爵位。1669年，清圣祖籍口阿布奈負(fù)恩朝廷，削阿布奈王爵，將其拘禁于盛京（今沈陽(yáng)市）作人質(zhì)，以此來(lái)鎮(zhèn)懾察哈爾蒙古和其他蒙古各部。1675年，阿布奈子布爾尼和羅卜藏，乘西南“三藩之亂”之機(jī)起兵反清。兩個(gè)月后，反抗失敗。布爾尼戰(zhàn)死，羅卜藏與阿布奈被殺。隨后，清朝政府廢止察哈爾蒙古札薩克旗制，降為總管旗制，將其余眾由義州邊外遷移到宣化，大同邊外。
經(jīng)過(guò)這次戰(zhàn)亂，察哈爾八旗人口損失殘重，為進(jìn)一步控制察哈爾蒙古，打亂察哈爾蒙古血緣關(guān)系，清朝政府采取摻沙子的辦法，不斷從蒙古其他各部抽調(diào)人口，補(bǔ)入察哈爾八旗。在此期間，先后補(bǔ)入鑲黃旗的有科爾沁部2個(gè)佐，伊蘇特部2個(gè)佐，陳額魯特2個(gè)佐，陳巴爾虎4個(gè)佐，新巴爾虎2個(gè)佐，共12個(gè)佐，約9000人。
清初，皇太極征服察哈爾蒙古后，為滿(mǎn)足宮廷、王公們對(duì)肉食、奶食的需要，在察哈爾蒙古牧地上建立小型的馬群、牛群、羊群。1675年以后，清朝政府從察哈爾各旗抽調(diào)牧戶(hù)，把清初建立的小型馬群、牛群、羊群擴(kuò)大為4個(gè)大型牧場(chǎng)。即：商都牧群（初稱(chēng)大馬群）、明安牧群（初稱(chēng)牛羊群）、太仆寺左翼牧群和太仆寺右翼牧群。清末，清朝政府在蒙古地區(qū)實(shí)行“移民實(shí)邊”政策，將內(nèi)地的大批漢族農(nóng)民遷移到邊疆地區(qū)墾殖，希望通過(guò)屯墾，充實(shí)邊防。因此察哈爾草原被大量開(kāi)墾為農(nóng)田，草場(chǎng)越來(lái)越小，牧民不得不逐漸北移。
1911年10月，辛亥革命暴發(fā)，清朝政府被推翻，1912年4月，袁世凱竊取中華民國(guó)臨時(shí)大總統(tǒng)職位。1914年，中華民國(guó)把內(nèi)蒙古劃分為熱河、察哈爾、綏遠(yuǎn)三個(gè)特別區(qū)。同時(shí)，繼續(xù)向察哈爾草原遷移大批農(nóng)民，進(jìn)行大面積墾殖，并成立招墾設(shè)治局，作為招募內(nèi)地農(nóng)民和組織開(kāi)墾的管理機(jī)構(gòu)。到20世紀(jì)30年代初，原鑲黃旗和商都牧群已遷移到今商都縣和化德縣以北。
1928年，國(guó)民政府把察哈爾特別區(qū)改為察哈爾省。同年，張家口都統(tǒng)府把察哈爾地區(qū)的牧群改為省立模范牧場(chǎng)，其中的商都牧群改為省立第一模范牧場(chǎng)。1934年3月，以德穆楚克棟魯為首的“蒙古地方自治政務(wù)委員會(huì)”（簡(jiǎn)稱(chēng)“蒙政會(huì)”）成立。1935年，蒙政會(huì)改商都牧群為商都旗。同年，日本侵略軍侵占察哈爾地區(qū)。1937年10月。偽“蒙古聯(lián)盟自治政府”成立。之后，改明安牧群為明安旗。
1945年8月15日，中國(guó)抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利。12月，共產(chǎn)黨員陳炳宇等人被派到商都旗和鑲黃旗開(kāi)辟工作。1946年初，商都旗和鑲黃旗分別成立了內(nèi)蒙古自治運(yùn)動(dòng)聯(lián)合會(huì)支會(huì)和民主政府。1947年5月，原鑲黃旗總管穆格登寶與商都旗上層喇嘛羅卜生卻吉尼瑪在國(guó)民黨支持下發(fā)動(dòng)叛亂，兩旗支會(huì)和民主政府被顛覆。7月，中共察哈爾盟工作委員會(huì)派副盟長(zhǎng)拉木扎布帶領(lǐng)部分干部和戰(zhàn)士來(lái)到鑲黃旗，組織革命積極分子，建立旗人民政府。8月，在內(nèi)蒙古自衛(wèi)軍騎兵十一師幫助下，商都旗也建立旗人民政府和自衛(wèi)隊(duì)。同時(shí)，由于工作需要，察哈爾盟工作委員會(huì)把商都旗、鑲黃旗和明安旗第三、第四佐（原鑲黃羊群）劃分為一個(gè)工作區(qū)，派共產(chǎn)黨員奇魯巴根和扎木蘇榮到商都旗和鑲黃旗負(fù)責(zé)黨務(wù)工作。
1949年3月，根據(jù)察哈爾盟工作委員會(huì)決定，商都縣、鑲黃旗與盟安旗第三、第四佐合并，成立商都鑲黃旗聯(lián)合旗。
??? 1956年9月，遵照《中華人民共和國(guó)各級(jí)代表大會(huì)和地方各級(jí)委員會(huì)組織法》規(guī)定，商都鑲黃聯(lián)合旗人民政府改為人民委員會(huì)。
??? 1957年1月，中華人民共和國(guó)國(guó)務(wù)院決定，改商都鑲黃聯(lián)合旗為商都鑲黃旗。
??? 1958年9月，察哈爾盟撤銷(xiāo)建置，并入錫林郭勒盟，商都鑲黃旗歸屬于錫林郭勒盟管轄。
??? 1960年6月，商都鑲黃旗與化德縣合并，稱(chēng)鑲黃旗。
??? 1963年6月，鑲黃旗與化德縣分設(shè)。
??? 1966年5月，“文化大革命”開(kāi)始。1967年1月和6月，旗人委被“造反派”兩次奪權(quán)。
??? 1968年4月，鑲黃旗成立革命委員會(huì)。
??? 1981年6月，撤銷(xiāo)革命委員會(huì)，再次成立人民政府。
??? 至1992年5月，鑲黃旗先后成立的旗級(jí)領(lǐng)導(dǎo)班子有：旗委、旗政府、人大、政協(xié)、武裝部和紀(jì)律檢查委員會(huì)。下轄二級(jí)職能部門(mén)共70個(gè)，其中旗委下轄14個(gè)，旗政府下轄40個(gè)。
??? 通過(guò)2002年機(jī)構(gòu)改革，目前共設(shè)置旗直黨政群機(jī)關(guān)42個(gè)。其中黨委系統(tǒng)7個(gè)工作部門(mén)，政府系統(tǒng)23個(gè)工作部門(mén)，司法機(jī)關(guān)2個(gè)（法院、檢察院），人大、政協(xié)各1個(gè)，群眾團(tuán)體4個(gè)，社會(huì)團(tuán)體4個(gè)。另設(shè)議事協(xié)調(diào)機(jī)構(gòu)的常設(shè)辦事機(jī)構(gòu)2個(gè)（信訪辦、扶貧辦），部門(mén)管理機(jī)構(gòu)1個(gè)（老干部管理局）。通過(guò)機(jī)構(gòu)改革，現(xiàn)全旗行政人員定崗人數(shù)共345人，其中黨政群機(jī)關(guān)232人，占核定編制數(shù)的87.5%，政法系統(tǒng)113人，占核定編制數(shù)的84.3%。
???2019年黨政機(jī)構(gòu)改革后，旗直黨政群機(jī)關(guān)45個(gè)（不包括法檢兩院）。其中黨委系統(tǒng)9個(gè)工作部門(mén)，政府系統(tǒng)26個(gè)工作部門(mén)，人大、政協(xié)各1個(gè)，群團(tuán)8個(gè)。通過(guò)機(jī)構(gòu)改革，現(xiàn)旗直行政人員人數(shù)共416人，其中黨政群機(jī)關(guān)306人，占核定編制數(shù)的56.7%，政法系統(tǒng)110人，占核定編制數(shù)的43.3%。蘇木鎮(zhèn)現(xiàn)有109人，核定行政編制130名。
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